之前小新向大家隆重介绍了一款提取植物总RNA的强效产品——高多糖多酚植物总RNA试剂盒,这款试剂盒通用性极强,几乎可以提取任何植物样本,受到了很多植物研究人员的喜爱。但是世上万物没有十全十美的,今天我们用实验自爆这款明星产品的缺陷。
实验目的:
验证Simgen高多糖多酚植物总RNA试剂盒存在的产品缺陷。
实验材料:
埃克莱尔(一种绿色月季花,由浙江农林大学友情提供)、研钵、液氮
高多糖多酚植物总RNA试剂盒(Simgen Cat.No.5103050)
超微量电子天平(DENVER INSTRUMENT,TP-213)
旋涡震荡器(越新仪器,XH-C)
超微量分光光度计(Simgen Cat.No.sim100)
电泳仪(北京六一仪器厂,DYY-6C型)
实验方法:
1 a. 称取250 mg花瓣放入研钵中,加入液氮研磨成粉末状。加入3 ml已加入β-巯基乙醇的Buffer RCT,继续研磨直至呈匀浆状,分别吸取650 μl匀浆液(按50 mg组织换算成50 μl匀浆物+600 μl裂解液计算)到4个RNase-free的1.5 ml离心管中,编号1、2、3、4,分别向1、2两管中加入1 μl RNase A;
b. 称取600 mg花瓣放入研钵中,加入液氮研磨成粉末状。加入1.8 ml已加入β-巯基乙醇的Buffer RCT,继续研磨直至呈匀浆状,分别吸取800 μl匀浆液(按200 mg组织换算成200 μl匀浆物+600 μl裂解液计算)到2个RNase-free的1.5 ml离心管中,编号5、6;
2. 加600 μl Buffer EX,用力混合均匀后离心5 min;
3. 吸取350 μl上清于洁净的1.5 ml管中,加入350 μl Buffer K混合均匀,混合液全部转移到过滤柱中离心;
4. 弃过滤柱,向滤液中加入700 μl 70%乙醇混合均匀,将混合液分两次加入核酸纯化柱中,离心弃滤液;
5. 依次加入500 μl Buffer WA和600 μl Buffer WBR洗涤;
6. 14000 rpm空离1 min去除残留乙醇;
7. 将核酸纯化柱置于洁净的RNase-free的1.5 ml离心管中,在纯化柱的膜中央加入50 μl RNase-Free Water,室温静置1 min,离心洗脱得到RNA。
实验结果:
1、在超微量分光光度计上用试剂盒的RNase-Free Water调零,测量洗脱下来的RNA,结果如下:
1、2是50 mg加了RNase A的花瓣组织提取的RNA;
3、4是50 mg花瓣组织提取的RNA;
5、6是200 mg花瓣组织提取的RNA。
2、在1%的琼脂糖凝胶上,加入5 μl洗脱的RNA进行电泳,结果如下:
分析与讨论:
1. 从样品编号3、4测得的浓度可以发现,50 mg埃克莱尔花瓣就提取到了大约17 μg的RNA,说明这种花瓣的RNA含量非常高。而同样是50 mg的花瓣,加入了1 μl RNase A的1、2测得的浓度只有个位数,相当于没有,这应该是RNA都被降解掉了。
2. 当样本量增加到200 mg时,可以发现只提取到了大约33.5 μg的RNA,只增加了大约2倍的量,并没有按照体积的增量相应地增加4倍。
3. 从电泳图可以看到,50 mg花瓣提取的RNA条带清晰完整,加了RNase A的RNA确实都降解了,完全没有看到条带。而200 mg花瓣提取的RNA则存在明显的降解情况。
综上所述,证明了Simgen高多糖多酚植物总RNA试剂盒对有RNase A使用的环境非常敏感,究其原因是裂解液Buffer RCT不像Trizol试剂一样含硫氰酸胍,不能像Trizol试剂一样有效地变性灭活RNase A。
其次,在没有RNase A污染的正常提取过程中,Buffer RCT采用的策略是在RNA分子周围形成保护层,防止其被剪切断裂。但如果样本中的RNA含量太高,Buffer RCT就不能保证在所有的RNA分子周围都形成有效的保护层,导致最后提取到的RNA出现部分降解的情况。
最后我们提醒用户使用Simgen高多糖多酚植物总RNA试剂盒时必须注意以下两点:
1. Simgen高多糖多酚植物总RNA试剂盒对RNA酶污染非常敏感,千万不要在使用RNA酶(比如提取质粒DNA)的实验室提取RNA,包括用过RNA酶的移液器也不能用作提取RNA。
2. 精确控制样本用量,切忌太随意。使用Simgen高多糖多酚植物总RNA试剂盒时,宁愿少用样本,也不要多用样本。对于嫩叶、嫩芽等RNA含量高的样本,用量应控制在100 mg以内,只有RNA含量低的样本(比如土豆,水果等)才推荐用到200 mg的组织,否则提取的RNA可能会出现降解现象。