上次用Simgen细菌DNA试剂盒提取细菌DNA的实验证实了剧烈操作提取的DNA浓度确实比温和操作提取的要高。但是一位较真的同学就提问了,细菌样本和血液样本毕竟是完全不同的样本,细菌DNA提取的效果一定代表血液DNA提取的效果吗?实践是检验真理的唯一标准,为了精确回答用户的疑惑,这次小新就用血液再来实际测试一下。
实验目的:
测试全血DNA小量试剂盒提取过程中剧烈操作与温和操作对实验结果的影响。
实验材料:
EDTA抗凝全血、全血DNA小量试剂盒(Simgen Cat. No.3001050)
DNA Maker: Simgen 1 kb Marker(Simgen Cat. No.MD1004)
2×PCR Mix(Simgen Cat. No.7003100),Human β-globin gene引物(Forward:TTAGGCCTTAGCGGGCTTAGAC;Reverse:CCAGGATTTTTGATGGGACACG)。
旋涡震荡器(越新仪器,XH-C)
台式离心机(eppendorf Centrifuge 5415 D)
超微量分光光度计(Simgen Cat.No.sim100)
电泳仪(北京六一仪器厂,DYY-6C型 )
实验内容:
剧烈操作 | 温和操作 |
1. 加300 μl Buffer L1到1.5 ml离心管中。 2. 加入400 μl抗凝全血,盖上管盖,旋涡振荡30秒。 | |
3. 加入300 μl Buffer L2,剧烈摇晃离心管3~5次,再旋涡震荡30秒混匀。 | 3. 加入300 μl Buffer L2,温和的上下颠倒混匀30秒。 |
4. 13000 rpm离心2分钟。 5. 将步骤4中的上清液倒入到核酸纯化柱中(核酸纯化柱置于2 ml离心管中),盖上管盖,12000 rpm离心30秒。 6. 弃2 ml离心管中的滤液,将核酸纯化柱置回到2 ml离心管中,在核酸纯化柱中加入500 μl Buffer WA,盖上管盖,12000 rpm离心30秒。 7. 弃2 ml离心管中的滤液,将核酸纯化柱置回到2 ml离心管中,在核酸纯化柱中加入600 μl Buffer WB,盖上管盖,12000 rpm离心30秒。 8. 弃2 ml离心管中的滤液,将核酸纯化柱置回到2 ml离心管中,14000 rpm离心1分钟。 9. 弃2 ml离心管,将核酸纯化柱置于一个洁净的1.5 ml离心管中,在纯化柱中央加100 μl Buffer TE,盖上管盖,室温静置1分钟,12000 rpm离心30秒。 10. 在超微量分光光度计上测量提取到的DNA的浓度。 11. 以18 μl提取的DNA作为模板,用2×PCR Mix扩增Human β-globin gene,目的基因长约1.3 kb。 12. 对提取到的DNA和PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳。 |
实验结果:
1. 在超微量分光光度计上用Buffer TE调零,测量提取的DNA,结果如下:
2. 在1%的琼脂糖凝胶上,加入5 μl提取到的DNA,电泳30 min,结果如下:
3. 在1%的琼脂糖凝胶上,加入5 μl扩增产物,电泳20 min,结果如下:
实验讨论与分析:
1. 从超微量分光光度计测量的结果上可以看出,剧烈操作提取的DNA浓度是温和操作提取的2倍左右,没有之前细菌实验时那么大的差异。Abs260/280和Abs260/230差别不大,数值都比较不错。
2. 从图一可以看到,两种操作方法提取的DNA电泳的位置差不多,剧烈操作提取的DNA的亮度明显亮于温和操作提取的DNA,与分光光度计测得的数据有较好的对应关系。
3. 从图二可以看到,两种操作方法提取的DNA均对PCR扩增没有影响,即使模板用量为18 μl(总体系为40 μl)也能成功扩增出目的片段。
本次实验的结果倒是有点出乎意料,原本按照细菌提取的结果推测,差异应该会比较明显,但是实际血液提取的结果却没有那么明显的差异(上次细菌样本提取DNA的结果相差了4倍,这次血液样本提取DNA的结果只相差了2倍)。之所以会有以上差异,我们推测可能的原因如下:第一种可能,血细胞比细菌细胞更容易溶解,温和操作条件下释放DNA效率更高;第二种可能,是因为我们本次使用的血样是冻存在﹣80℃冰箱中的,解冻的过程相当于给血液细胞提前进行了一次破坏,所以后续粗暴操作效果就没那么明显了。当然,也有可能是上述两种原因共同作用的结果,如果具体到哪种因素更重要,就需要应用新鲜采集的血样进行测试了。至少,我们现在可以比较有把握地回答用户的疑惑了:细菌DNA提取的效果还是能代表血液DNA提取的效果的,只不过差异没有那么明显。如果用冷冻过的血液样本提取DNA的时候,温和操作获得DNA的效率会比剧烈操作获得DNA的效率降低一半。所以使用Simgen全血DNA小量试剂盒提取DNA的时候,请忘掉谨慎小心之类的警告,相反的越粗暴操作,DNA的提取效率越高!