Simgen和Ta**Ra动物组织DNA试剂盒性能对比

前段时间有个客户在新景实验室做物种鉴定方面的实验，由于样本比较珍贵，希望能挑选到一款性能更好的试剂盒，因此自带了一盒Ta**Ra MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction Kit，想与Simgen的动物组织DNA试剂盒比较一下性能。对于这种需求，我们也很感兴趣，现在我们将测试结果公布一下：

实验目的：

对比Simgen和Ta**Ra两个品牌的动物组织DNA试剂盒的性能差异。

实验材料：

客户提供的牛垂体组织（晒干），一次性手术刀片，Simgen动物组织DNA试剂盒（Cat.No.3101050），Ta**Ra MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction Kit，2×Taq Plus PCR Master Mix（Simgen，Cat.No.7005100），特异性引物（客户提供，具体序列未知，扩增的目的片段在200 bp左右）。

实验方法：

1. 用一次性手术刀片将垂体组织切碎，按每管20 mg的重量称取4管，分别用Simgen和Ta**Ra两个公司的试剂盒提取2管垂体组织的DNA。

2. 在超微量分光光度计上测量提取的DNA浓度。

3. 取5 μl洗脱的DNA作为模板，用2×Taq Plus PCR Master Mix进行PCR扩增。

操作步骤对比：

实验结果：

1. 在超微量分光光度计上分别用Elution Buffer/Buffer TE调零，测量洗脱下来的DNA，结果如下（T1、T2：Ta**Ra试剂盒；S1、S2：Simgen试剂盒）：

1. 在2%的琼脂糖凝胶上，加入5 μl PCR扩增产物，电泳30分钟，结果如下：

分析与讨论：

1. 从操作步骤上来看，两家公司的试剂盒相似度很高，但是Simgen的操作步骤相对来说离心时间更短，洗涤步骤也只需两步，比Ta**Ra的三步洗涤更简便。

2. 在蛋白酶K消化组织的步骤中，当Simgen试剂盒提取的两管垂体组织完全溶解的时候，Ta**Ra试剂盒提取的两管垂体组织还有明显的未溶解颗粒。可能是因为Simgen公司的试剂盒中消化缓冲液Buffer AT性能优于Ta**Ra试剂盒中的Buffer GL。

3. Simgen试剂盒提取的DNA浓度较Ta**Ra试剂盒更高；且OD₂₆₀/OD₂₃₀比值达到2.0以上；Ta**Ra试剂盒提取的DNA浓度不到Simgen试剂盒提取的浓度的一半，且OD₂₆₀/OD₂₃₀比值均低于2.0。

4. 从PCR电泳图可以看到两个公司的试剂盒提取的DNA均能够扩增出目的条带，但Simgen的条带较Ta**Ra稍亮一些，这与测得的DNA浓度有对应的相关性。

5. 专业分析：一个优质的核酸纯化试剂盒由两大部件组成：缓冲液+纯化柱。Ta**Ra试剂盒消化DNA的时间长，洗涤次数多，说明其试剂盒的缓冲液还需要进一步优化。

6. 专业分析：Ta**Ra试剂盒提取的DNA浓度较Simgen试剂盒低了一半，已经不仅仅能用缓冲液的差异来解释了，说明其选用的纯化柱有两种可能存在的缺陷：1.最常见的是纯化柱失效问题，就是说纯化柱吸附DNA的能力下降了。2. 纯化柱的优化问题，如果Ta**Ra选择了非常致密的膜吸附基因组DNA，虽然DNA的吸附效率非常高，但是会导致大片段的DNA很难被洗脱下来，结果就是不仅基因组DNA的回收率低，还很容易滞留盐分，典型的特点是OD₂₆₀/OD₂₃₀比值偏低。综合来看，第二种纯化柱缺陷的可能性偏大，当然这只是猜测，具体还需要Ta**Ra公司的技术人员自己去核实。

Simgen实验室

2019.11.27