某天风和日丽,我像往常一样去公司上班,一到办公室,销售部的小伙伴就跑来向我抱怨:“小新啊,最近公司的凝胶回收试剂盒是不是质检不过关?我已经接到好几个投诉电话了!!!”
我:“你说啥!!??怎么可能,出货前都检验了,没有问题啊!!!”
在小伙伴满脸怀疑的表情下,我还是果断的再检测了一次,对比之后拿到了数据,分分钟甩了出来。
“不是吧?!85%的回收率客户还嫌低?”
“可是客户反映只有不到50%啊……”
为了实力证明产品的质量,我决定去客户的实验室走一趟。(这么近,不去多不好啊……)一上午时间搞定,回来之后小伙伴问我怎么样。为什么我们自己检测的数据与客户做出的结果差距如此之大?下面就由小新为大家解答:凝胶回收过程中有哪些容易被忽略的要点。
对照组采用无损失凝胶回收:(每组实验均有两个重复)
30μl+120μl凝胶作为样品,然后通过正常的凝胶回收实验操作步骤(参照杭州新景生物试剂凝胶回收试剂盒说明书)。
第一组实验组:凝胶块薄厚差异(每组实验均有两个重复)
客户制胶相对较薄,实验室制得胶比较厚。这会儿估计会有小伙伴说了,做那么厚的胶岂不是浪费吗?然而真的是浪费嘛?我们来看图片
(图1:薄胶样为仿客户制胶)
(图2:厚胶样为实验室制胶)
从图上我们可以很明显的看出图1的凝胶较薄,在跑样孔附近有凸起,且整块胶薄厚不均匀,图2的胶明显厚度均匀,没有明显的凸起凹陷。
那么为什么薄的胶会出现不均匀的现象呢?这在物理学上被称之为“毛细作用”(毛细作用:是由分子表面张力引起的,由表面张力和分子与另一种分子之间的亲和力引起的。以上来自百度百科)。
那么薄厚不同的胶,会对最终凝胶回收效率有什么影响呢?
我们在两块厚薄不同的胶中添加了30μl同样的DNA样本,然后通过正常的凝胶回收实验操作步骤(参照杭州新景生物试剂凝胶回收试剂盒说明书),得到了最终的一份实验数据。与此同时,我们还进行了第二组实验。
第二组实验:跑胶时间对实验结果的影响(每组实验均有两个重复)
点完样,稍等片刻,我们再来观察实验结果。
小新跑胶结束啦,为了效果更明显,我们需要在侧面观察侧面观察DNA在凝胶中的状态:
图3 :1号组厚胶电泳15分钟效果
图4:2号组厚胶电泳30分钟效果
图5:薄胶电泳15分钟效果
图6:3号组薄胶电泳30分钟效果
通过对比图3和图4(或者图5和图6),均可看出,随着电泳时间的加长,DNA条带出现明显的扩散。如果凝胶比较厚,如图4,大部分DNA还保留于凝胶中,但是相对较薄的凝胶,如图6,估计得有一半的DNA都跑到电泳缓冲液中了。当然,直观感受没有依据那么我们就用数据说话,接下来继续切胶回收。
实验结果:每组实验均有两个重复(真相终于要浮出水面啦~)
1号、2号、3号实验组的平均回收效率分别为:85.8%、61.8%、37%(看看,这就是区别!!!)。由此我们可以总结出:在凝胶回收的过程中尽量做相对厚一点的胶(为了回收效率就别在意那么一点点胶啦~),最大可能避免毛细作用导致胶体不均匀进而影响回收效率;此外尽可能不要过长时间的电泳,不然大部分的DNA都从凝胶胶体里跑到电泳缓冲液中的话,回收率当然就低啦!回收过程中还要将凝胶块融化完全,以避免堵塞纯化柱。当然这种小的细节相信大家都知道啦。好了今天的小新课堂就到这里了,下期再会!
杭州新景生物试剂开发有限公司实验室
2016年1月26日