实验室的小伙伴们都知道,提取DNA的血液样本需要放在﹣20℃冷冻保存,如果是为了提取RNA还必须放在﹣80℃保存才行。万一不小心将血液样本遗忘在4℃冰箱几个星期的话,血液中的RNA估计已经完全没救了,那DNA的情况又是怎么样的呢?正好实验室这有一管血液不小心放在4℃两个月了,让我们一起来测试一下吧!
一.实验目的:
测试提取4℃下放置2个月的抗凝全血中的DNA。
二.实验材料:
4℃放置2个月的抗凝全血
全血DNA小量试剂盒(SIMGEN Cat.No.3001050)
全血/培养细胞DNA试剂盒(SIMGEN Cat.No.3002050)
2×PCR Mix(Simgen,Cat.No.7003100)、Human β-globin gene引物(Forward:TTAGGCCTTAGCGGGCTTAGAC;Reverse:CCAGGATTTTTGATGGGACACG)。
旋涡震荡器(越新仪器,XH-C)
电子恒温不锈钢水浴锅(上海宜昌仪器纱筛厂)
台式离心机(eppendorf Centrifuge 5415 D)
超微量分光光度计(SIMGEN Cat.No.sim100)
电泳仪(北京六一仪器厂,DYY-6C型 )
PCR仪(Techne FPROGO5Y Progene Thermal)
三.实验内容:
四.实验结果:
1. 在超微量分光光度计上用各自试剂盒中的BufferTE调零,测量提取好的DNA,结果如下:
样品编号1、2为全血DNA小量试剂盒提取的DNA;样品编号3、4为全血/培养细胞DNA试剂盒提取的DNA
2. 在1%的琼脂糖凝胶上,加入5 μl提取到的DNA,电泳25 min,结果如下:
3. 在1%的琼脂糖凝胶上,加入5 μl扩增产物,电泳20 min,结果如下:
五.实验讨论与分析:
1. 从超微量分光光度计浓度测量结果上可以看出,两个试剂盒均提取到了一定数量的DNA,结合图一结果可以进一步证实4℃下放置2个月的抗凝全血中的DNA并没有完全降解,只是拖尾严重,但还保留有明显的主带。
2. 从图二的电泳结果分析可以得出结论:4℃放置2个月的抗凝全血中提取的DNA并不影响PCR扩增。
3. 仔细观察图一中血液基因组DNA的电泳条带,会发现DNA的拖尾实际上是类似DNA Marker的条带,这是典型的凋亡细胞特征条带。其真正的原因是白细胞(红细胞无核,提取不到DNA)由于得不到机体提供的养分,已经开始死亡,自溶。这也说明4℃条件下,血液中的DNA会缓慢地降解,确实不适合用作长期保存血液。
4. 最后我们可以告诉大家一个好消息,就是万一不小心将血液遗忘在了4℃冰箱中,短期内(至少2个月内)提取DNA影响不大(主要影响就是提取到的DNA拖尾严重),提取到的DNA用作模板也不影响目的片段不是很长的PCR扩增。