方法一 大肠杆菌质粒DNA的大量提取 (碱法)
1．将含有质粒的大肠杆菌在LB液体培养基(含适量抗生素)中37℃培养16-20 小时。
2．用含抗生素的LB培养基繁殖大肠杆菌37℃，250rpm，震荡培养16小时左右。
3．悬浮菌液移至大离心管内，每管500ml，4℃下6000rpm离心15分钟,弃上清。
4．用“1号溶液”(18ml/管)回溶菌块(摇床上慢摇10分钟)，确保菌块全部回溶。
5．加2ml浓度为10mg/ml的溶菌酶(溶在1号溶液内)，室温下放置10分钟。
6．加40ml冷的“2号溶液”混匀，室温下放置10分钟(此时菌液应变清)。
7．每管加20ml冷的“3号溶液”，充分混匀（不再分两个液相），在冰内放置10分钟，并摇动混合3次，(此时细菌的染色质应沉淀下来)。
8．4℃下9000rpm，离心15分钟。如染色体DNA未完全沉淀，重复离心，直至大分子DNA沉淀全部清除为止。
9．取上清，加0.6体积的异丙醇，混合后置室温下10分钟。
10．室温下8000rpm离心15分钟（不要4℃离心，否则盐会沉淀！）。取沉淀用70%乙醇洗二次，倒置离心管干燥。
11．DNA回溶在TE内（每500ml菌液加3ml），混合后室温下30分钟（此步可停）。
12．将溶解后的提取物移至15-30ml的离心管内，加等体积（3 ml）冷的5M LiCl，混合后置冰上2-5分钟。4℃下10000rpm离心10分钟（沉淀大分子RNA）。
13．将上清移至干净的离心管内（30-50ml的离心管），加等体积的异丙醇，混合均匀，室温下沉淀5-10分钟（摇两次）。室温下以10000rpm离心10分钟。
14．倒掉上清，倒置离心管以除去残余的上清。用70%乙醇洗2次（室温），倒置离心管干燥几分钟蒸发乙醇。
15．沉淀溶于500ml的TE，加RNA酶A（终浓度为20mg/ml），将混合液移至1.5ml的小离心管内，室温下置30分钟。
16．加500ml的1.6M NaCl(含13%的PEG8000)，混合均匀。置冰上2-5分钟，于4℃下12000rpm离心5分钟(回收质粒DNA)。小心倒掉上清，将沉淀溶于400ml的TE中（此步可省略）。
17．用等体积的苯酚/氯仿异戊醇(25:24:1V/V)抽提1次，取上清液，再用等体积的氯仿:异戊醇(24:1)抽提一次。
18．将上层液小心吸出，置于干净的1.5mL离心管内。加100ml的10M NH4Ac溶液，混合。再加2倍体积（约1ml）的无水乙醇，室温下置10分钟。
19．于室温下12000rpm离心5分钟。
20．小心吸去上清。加200ml的70%乙醇（4℃），振荡几秒钟后，室温下12000rpm离心5分钟。重复一次，倒置离心管使乙醇蒸发（勿倒掉DNA沉淀！）。
21．将沉淀溶于500ml的TE。取少量用TE稀释50-1000倍，测OD260，算出质粒DNA的浓度（1OD260=50mg质粒DNA/mL）。保存于-20℃内待用。
方法二 大肠杆菌质粒DNA的微量提取（煮沸法）
1．将含有质粒的大肠杆菌（农杆菌）接种于含抗生素适量LB（YEP）培养基中，37℃（28℃），200rpm震荡培养至对数生长期。
2．取1ml菌液至1.5ml的离心管中, 12000rpm，离心1分钟。
3．去上清,用80μl STET缓冲液悬浮菌体。
4．加入4ml溶菌酶（10mg/ml）。
5．沸水中煮1分钟。
6．立即取出，室温下12000 rpm离心10分钟。
7．用牙签将底部沉淀完全挑出，保留上清。
8．加入80μl冷的异丙醇混合均匀。
9．12000rpm，离心5分钟，沉淀DNA。
10．小心倒掉上清，沉淀用70%乙醇洗2次，倒置干燥。
11．回溶于20ml TE中，取3ml用0.8%琼脂糖凝胶电泳鉴定。
方法三 大肠杆菌质粒DNA的微量提取（碱法）
1．将含有质粒的大肠杆菌按5%量接种到液体5mL LB培养基 (含适量抗生素)内培养至对数生长晚期 (一般0D600=0.6)。
2．悬浮菌液移至1.5mL离心管内，室温下4000rpm离心15分钟，弃上清。若沉淀较少可重复收集1~2次。
3．用200μL “1号溶液”回溶菌块。
4．加400μL新配置的“2号溶液”，颠倒混匀(不剧烈震荡)。
5．每管加入300μL冷的“3号溶液”，充分混匀，在冰内放置5分钟，并摇动混合3次。
6．12000rpm离心5分钟。如染色体DNA未完全沉淀，重复离心，直至大分子DNA沉淀全部清除为止。
7．取上清，加0.6体积的异丙醇，混合后置室温下10分钟。
8．室温下12000rpm离心5分钟。
9．沉淀用70%乙醇洗二次，倒置离心管干燥，沉淀用70%乙醇洗两次后，溶于20-50mL的TE备用。
