怎样做一张漂亮的琼脂糖凝胶电泳图

Hi大家好，实验做完了的小新闲来无事，那么今天我们来聊一聊最普通最常见最基础的实验——电泳。【才不是为了掩饰小新是新手的事实o(￣ヘ￣o＃)

说起跑电泳，肯定有小白们嗤之以鼻：哎呀！这个跑电泳还不简单啊，做块胶，上个样，插上电源跑就是了。讲道理，你要是也这么想是会被打的你造吗？

作为读书少的的小新，今天将会向大家展示实验室这些年跑电泳所遇到的一些问题，并为大家分析不同电泳图的所代表的结果以及在如何解决这些问题，希望对大家做出漂亮的电泳图有所帮助。

一、做一块优质的琼脂糖凝胶

正所谓“工欲善其事，必先利其器”，能否做一块好的琼脂糖凝胶，直接影响到后面的电泳和结果的分析。小新一开始跑电泳的时候，会出现各种各样奇怪的图，作为实力的典范，先给大家展示一下【(>﹏<。)

图一                             图二

从图一上看，DNA电泳时，DNA条带好像遇到阻碍而发生了扭曲；图二中DNA亮带虽没有发生扭曲，但是却出现了杂斑亮带。这是因为在制胶时带入了其它杂质，形成了障碍物，使得DNA条带电泳时受到阻碍无法继续电泳，从而形成扭曲带（如图一）；或者是制胶时溶胶不完全以致琼脂糖颗粒残留，形成一些浓度较高的凝胶区域，在DNA电泳经过这些区域时，部分DNA被阻碍在这里而形成不规则亮带（如图二）。

所以小新建议在制胶时注意以下几点：

1. 在制胶时必须将制胶模具、梳子以及烧杯等物品洗净，以免干胶及其他杂质带入；

2. 在溶胶时应观察溶液中是否有未溶解的琼脂糖颗粒，确保溶胶完全；

3. 在溶液倒入制胶模具前必须充分混匀，以免制出来的胶出现不均匀的现象。

二、选择合适浓度的琼脂糖凝胶

    除了以上这种低级问题，还有一个容易忽略的问题，那就是凝胶的浓度。比如：

     1  2  3  4  5           1  2  3  4  5

图三                     图四

当师兄告诉我，以上这两幅图是用相同的DNA Ladder、上样量、电泳电压并且跑了一样长的时间时，小新的内心是崩溃的！！！为啥差别非常明显？哪里不一样呢？就是由于采用了不同浓度的凝胶电泳而导致的。那怎么选择合适浓度的琼脂糖凝胶呢？简而言之，长片段的DNA选用低浓度的凝胶电泳，短片段的DNA则选用高浓度的凝胶电泳--具体参考方案参考下表：

表一：分离不同大小的DNA片段所用的最适凝胶浓度

三、选择合适的核酸上样量电泳

除此以外DNA上样量的多少也会影响电泳效果。

图五                                                 图六

图五是同一基因组DNA，图六是同一质粒DNA，但是因为不同的上样量，导致了不一样的电泳效果。经验告诉小新：要想电泳跑出可见条带的话，至少需要上样50 ng，但是0.5 cm宽的梳子最好不超过加0.5μg的DNA量，因为上样量过多会造成加样孔超载，从而导致拖尾或弥散，对于较长的DNA此现象更为明显。当然啦，加样量的多少还应依据加样孔的大小及DNA片段的长度而定，当加样孔大时，样品上样量应相应加大。

四、选择合适的电压电泳

图七                                             图八

图七和图八是同一样本跑出的图，但是出来的效果差别非常大，主要是因为电泳时的电压不同。图七由于电泳的电压过大，导致电泳条带都扭曲变形了(当实验使用GoldView Ⅱ型核酸染色剂时差别更明显）。通常情况下电压越低，走出的电泳条带越平整。低电压电泳时，电泳缓冲液也不容易发烫，也能确保在电泳的过程中凝胶不会变形。当然电压太低，等待电泳结果的时间就会延长，综合考虑，一般控制电泳电压≤5V/cm，即可保证电泳条带的清晰度。

五、选择合适的电泳距离（控制电泳时间）

图九                                                            图十

最后的这两幅图是同一块凝胶在电泳的不同时间段拍摄的电泳图。大家有没有觉得图九的电泳条带还行呢，有主带，虽然有弥散、拖尾条带，但是主带还是很亮的。如果只是看有没有核酸的话，差不多就蒙混过去了，但是如果你是想看DNA状态或者是分离不同长度片段的DNA，那么必须多跑一会儿，这样就有了图十。图十可以看出有基因组DNA、质粒DNA以及RNA。

为什么差别那么大？这是因为图九电泳的时间短，不同长度片段的DNA条带还未分离，都聚集在一起，所以只能看见DNA含量最高的主带；而图十的电泳时间比较长，不同长度片段的DNA条带已经分离，可以清晰看到不同长度片段的DNA条带，甚至两最下方的两条RNA条带都被分离开了。

    当然啦对于一些片段的DNA，电泳20-30min家常便饭，有的甚至需要更长的时间，如果想稍微快一点，可以选用浓度比较稀的凝胶或稍微调高一点电压进行电泳，但是要有一定的范围（所需凝胶浓度见表一）。

好啦，今天的小新课堂又要和大家说再见啦，本期讨论的内容比较多，但好在浅显易知，小新也只是抛砖引玉，如果大家有什么不同的看法建议，或者想讨论的话题，欢迎给小新来信。我们下期再会！

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