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直接法提取DNA
直接法提取DNA的步骤如下：
1) 取1 g土样，倒入灭菌的50mL离心管中
2) 加入10 mL TENPP缓冲液(20 mmol/L EDTA， 50 mmol/L Tris， 1% PVPP， 100 mmol/L NaCl，pH 10.0)用振荡仪振荡数分钟，使土样悬浮并充分混匀
3) 10000 r/min离心5 min，弃上清，重复洗涤3-5次，至上清基本无色
4) 加入5 mL PBS缓冲液(2.7 mmol/L KCl， 100 mmol/L NaCl， 2 mmol/L KH2PO4，10 mmol/L Na2HPO4， pH 7.4)漂洗，10000 r/min离心5 min，弃上清
5)加入13.5 mL DNA提取缓冲液(100 mmol/L Tris，100 mmol/L EDTA，100 mmol/L Na3PO4，1.5 M NaCl，1%CTAB， pH 8.0)，混匀后液氮反复冻溶3次，加入100 μL蛋白酶K(25 mg/mL)和200 μL溶菌酶(50 mg/mL， pH 8. 0)，37℃水浴30 min，期间颠倒混匀3次
6) 加入2 mL 20% SDS，65℃水浴2 h，期间颠倒混匀5-6次
7) 8 000 r/min室温15 min，取上清至新管
8) 用等体积氯仿：异戊醇(24：1)抽提，吸出水层，加入0.6倍体积的异丙醇，4℃沉淀1 h或更长
9) 11000 r/min 4℃离心20 min，沉淀DNA
10) 去上清，用70%乙醇漂洗，11000 r/min 4℃离心5 min，并重复漂洗1次，置于超净工作台吹干
11) 干燥后，用100 μL ddH2O(含RNAse 20 mg/mL)溶解，转入1.5 mL离心管，37℃放置30 min，置于-20℃冰箱中保存。
间接法提DNA
间接法提取土壤DNA所用介质为Nycodenz，密度梯度离心，步骤如下：
1) 称取1 g土样，倒入已灭菌的50 mL离心管中
2) 加入15 mL 预冷无菌蒸馏水，并涡旋混匀
3) 将10 mL Nycodenz (8 g Nycodenz 溶于10 mL灭菌蒸馏水，稍加热便于溶解)小心泵入土壤悬浮液底部，4℃，11000 r/min离心30 min
4) 小心收集在下层Nycodenz-土壤颗粒与上层水层分界面显白色的微生物细胞层(吸到上层水层对结果没有影响)至新管
5)加入13.5 mL DNA提取缓冲液(100 mmol/L Tris，100 mmol/L EDTA，100 mmol/L Na3PO4，1.5 M NaCl， 1%CTAB， pH 8.0)，混匀后液氮反复冻溶3次，加入100 μL 蛋白酶K (25 mg/mL) 和200 μL溶菌酶(50 mg/mL， pH 8. 0)，37℃水浴30 min，期间颠倒混匀3次
6) 加入2 mL 20% SDS，65℃水浴2 h，期间颠倒混匀5-6次
7) 8 000 r/min室温15 min，取上清至新管
8) 用等体积氯仿:异戊醇(24:1)抽提，吸出水层，加入0.6倍体积的异丙醇，4℃沉淀1 h或更长
9) 11000 r/min 4℃离心20 min，沉淀DNA
10) 去上清，用70%乙醇漂洗，11000 r/min 4℃离心5 min，并重复漂洗1次，置于超净工作台吹干
11) 干燥后，用100 μL ddH2O(含RNAse 20 mg/mL)溶解，转入1.5 mL离心管，37℃放置30 min，置于-20℃冰箱中保存。
SDS 高盐法
称取1g土壤，放入研钵中，倒入适量的液氮，立即研磨；再倒入适量的液氮，研磨，重复3 次，使土壤颗粒研成粉末；
将13.5 ml 提取缓冲液 (0.1 mol/L磷酸盐 [pH = 8.0 ] ，0.1 mol/L EDTA [pH 8.0 ] ，0.1 mol/L Tris-HCl [pH 8.0 ] ，1.5 mol/LNaCl ，1.0 % CTAB) 和50μl蛋白酶K(10 g/L) 与5 g土壤置于50 ml 的离心管中，放入37 ℃恒温摇床上，225 r·min -1振荡30 min ；
加入1.5 ml20 % SDS ，轻轻混匀，65 ℃水浴加热2 h ，每隔15～30 min 轻轻摇匀1 次；
5 000 r·min- 1 离心10 min ，将上清液转入新的50 ml 离心管中；
取4.5 ml 提取缓冲液加入原离心管，摇匀泥浆，加入0.5 ml 20 % SDS ，65 ℃水浴15 min ，用上述同样的离心速度离心10min ，将上清液与原上清液合并；
再重复此步骤1 次；
用与上清液等量的三氯甲烷于离心管中混匀，5000 r·min - 1 离心20 min ；
收集上清液，并加入0.6 倍体积的异丙醇，室温静置1 h ；
25 ℃下12 000r·min - 1离心20 min ，倒出上清液，干燥后加入500μl 去离子水，溶解粘附于离心管壁的DNA 及其杂质，并收集于1.5 ml 的微型离心管中.
变性剂加SDS 高盐法
取1 g土样和等量的灭菌石英砂在研钵中混合，加入1 ml 变性剂(4 mol/L异硫青酸胍，10mmol/L Tris-HCl [pH 7.0 ] ，1 mmol/L EDTA[pH 8.0 ] ，0.5 % 2-巯基乙醇) ；
液氮冰冻，研磨至溶解，重复3 次；转入50 ml 离心管中，加入9 ml 提取缓冲液(0.1 mol/L磷酸钠[pH 7.0 ] ， Tris-HCl [ pH 7.0 ] ， 0.1 mol /L EDTA [ pH8.0 ] ，1.5 mol/L NaCl ，1 %CTAB ，2 %SDS) ；
65 ℃水浴1 h ，每10 min 轻轻混匀1 次；5 000 r·min- 1 离心10 min ，取上清；
在原管中加入5 ml 提取缓冲液，混合后，65 ℃水浴10min ，离心，取上清，合入上述上清液；
重复一次；加入等体积的氯仿混合，5 000 r·min - 1离心20 min ，取上清；
加入0.6 倍体积的异丙醇，室温沉淀1 h ；20～25 ℃，12 000 r·min - 1离心20 min ，TE 溶解沉淀.
SDS-酚氯仿抽提法
称取1g 土壤样品，加入1ml0.1mol/l PH8.0 磷酸缓冲液，玻璃珠振荡1min。溶菌酶5mg，使终浓度为2.5mg/ml，室温振荡15min，放置冰箱30min，加125μl 20%SDS振荡处理15min，离心，分装EP管，加酚（1：1体积），抽提1次，氯仿-异戊醇（1：1体积），抽提2次，加0.6体积异丙醇，室温放置1h，离心，70%乙醇清洗，200μl TE 溶解。
冻融溶菌酶SDS裂解法
取1g土壤样品，加如0.5ml灭菌的抽提缓冲液（100 mmol/LTris-HCl ， 100 mmol/L EDTA， 200 mmol/L NaCl， 1.0% PVP， 2.0%CTAB ， PH8.0），加玻璃珠旋涡5~10 min，在液氮中冷却1 min后迅速在沸水中煮2 min，如此重复3次，13 000r/min离心10 min。上清夜快速置于冰上备用，沉淀用于进一步裂解。将上述沉淀悬浮于0.2ml提取缓冲液中，旋涡10min，加入溶菌酶（100ml/l）50μl，轻轻混匀后，37C温浴30min，再加入250μl SDS 缓冲液（100 mmol/lTris-HCl， 200 mmol/l NaCl，2.0% SDS， PH8.0），上下颠倒10min，13000 r/min离心10min，收集上清夜。
