如何从唾液中提取RNA

作者:新景实验室
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随着基因健康体检的普及,获取人的DNA从最常见的血液中DNA提取,逐步改为从口腔拭子中提取,最后变成了从唾液中提取DNA。相应的,获取人的RNA也提出新的需求,希望从血液中提取改为从唾液中提取。

看似简单的一个样本变换需求,RNA的提取难度上却大大地提高了。

首先,唾液是一个含大量细菌的混合液,1 ml唾液大约含1亿个细菌,其次唾液中还含有大量的消化酶(最讨厌的是含有RNA酶)、溶菌酶、免疫球蛋白、各种无机盐离子以及白细胞、口腔脱落细胞、甚至包括病毒。在这一堆混合物中,真正我们所需要的是口腔脱落细胞及白细胞中的RNA,如何躲避RNA酶的攻击,去除基因组DNA,提高RNA的回收效率,是提取唾液中RNA的三大难点。

针对上述难点,我们逐一采取了相应的应对措施

1. 由于唾液中富含RNA酶,收集的唾液如果用于RNA提取必须立即灭活RNA酶,不能象血液一样放置几小时后再提取RNA。所以我们特别选择了配套的唾液采集器,采集唾液后可立即混入裂解液,终止RNA酶的活性。

2. 由于基因组DNA比RNA更长,更粘稠,所以可以用特殊的过滤柱过滤唾液的裂解物,高效除去基因组DNA,却不损失RNA的数量。

3. 如果从唾液中富集口腔脱落细胞或白细胞,必定会增加操作步骤,延长RNA酶攻击RNA的时间,因此我们采取的方案是尽可能大体积地一次性提取RNA,但是由于RNA含量低,醇沉淀RNA根本不可行,所以采用核酸纯化柱富集、纯化RNA。

现将设计的唾液RNA提取方法公布如下:



我们用微量分光光度计来估计我们获得的2个唾液中RNA的质量:


总体来说OD260/OD280接近2.0,纯度很好,但是OD260/OD230比值很低,可能有盐分残留,但也不排除因为RNA浓度低,OD260 严重偏小所造成的假象。

用上述提取的唾液RNA扩增下β-actin,效果还是不错的:


最后要补充的是,由于RNA的总量还不到1μg,在提取唾液RNA的过程中可以添加适量的Carrier RNA, 以提高最终RNA的回收效率。