一、基因组DNA提取方法
1、贴壁细胞用胰酶消化,离心收集。
2、细胞重悬于冰冷的PBS漂洗一次,离心收集。试验步骤2再重新作一边。
3、加入5mlDNA提取缓冲液,(10mmol/LTris-cl,0.1mol/LEDTA,0.5%SDS),混匀。
4、加入25ul蛋白酶K,使终浓度达到100ug/ml,混匀,50℃水浴3h,
5、用等体积的酚抽提一次,2500rpm离心收集水相,用等体积的(酚,氯仿,异戊醇)混合物抽提一次,2500r/min离心收集水相
6、用等体积的氯仿,异戊醇抽提一次。加入等体积的5mol/L的LiCL,混匀,冰浴,10min.。
7、2500rpm离心10min.转上清于一离心管中。加入等体积的异丙醇。室温10min。2500rpm,离心10min。弃上清。
8、加入0.1倍体积3mol/L乙酸钠(pH5.2)与2倍体积-20℃预冷无水乙醇。-20℃20min。
9、12000r/min,室温离心5min。弃上清。将DNA溶于适量TE中。
二、外周血DNA提取技术
1、取静脉血5ml,EDTA抗凝,2500rpm离心10min。
2、小心吸取上层血浆,分装到3个0.5ml离心管中。
3、在血细胞中加入3倍体积的溶血液,摇匀,冰浴15min。
4、2500rpm离心10min,弃上清。
5、加入10ml溶血液,摇匀,冰浴15min。
6、3000rpm离心10min,弃上清。
7、倒置离心管,去掉残液。
8、得白细胞,-80℃冻存。
三、氯仿法抽提外周血白细胞基因组DNA:
试验试剂:
Ligsis buffer:
133mM NH4ClNHC l7.12g 0.9mM NH4HCO3 NH4HCO 30.071g 0.1mMEDTA 0.5mM EDTA 0.2ml;最后加灭菌去离子水至1000ml,高压灭菌。
ACD抗凝剂:
柠檬酸1.68g柠檬酸钠4.62g葡萄糖5.15g;最后加灭菌去离子水至350ml,高压灭菌。
提取缓冲液(Extraction buffer):
10mMTrisCl(PH=8.0) 1MTris.Cl(PH=8.0) 1ml0.1mMEDTA(PH=8.0) 0.5mMEDTA(PH=8.0) 20ml0.5%SDS10%SDS0.5ml;最后加灭菌去离子水至100ml,高压灭菌
试验步骤:
1、在500μl抗凝血中加入ligsisbuffer1000μl,充分颠混至清亮。以4000rpm,离心5min。弃上清液。
2、沉淀中加入ligsisbuffer1500μl,充分匀浆。以6000rpm,离心5min。
3、彻底弃去上清,加入extractionbuffer500μl(裂解细胞),混匀置于37℃,水溶1h。
4、加入8μl的蛋白酶K,颠混,37℃过夜(或55℃,3h,但是37℃效果要好些)。
5、每管加入450μl饱和酚(取溶液下层)缓慢摇晃10min,以5500rpm,离心15min。
6、取上清,每管加入250μl饱和酚和250μl氯仿-异戊醇,摇匀10min,以5500rpm,离心15min。
7、取上清,每管加入500μl氯仿-异戊醇,摇匀10min,以5500rpm,离心15min。
8、取上清,每管加50μl的3M的NaAC+,适量无水乙醇(预冷)至满,摇匀放入-20℃保存2h以上。
9、以12000rpm,离心20min。去上清,加入70%乙醇500μl,以12000rpm,离心5min,去上清,50-60℃干燥。
10、加入50μl灭菌去离子水,转弹,混匀。
四、NaI提取法提取外周血白细胞基因组:
1、取外周抗凝血(全血)100ul于eppendorf管中,12000rpm离心12min。
2、弃上清,加双蒸水200ul溶解,摇匀20s。
3、混匀后加6MNaI溶液200ul,摇匀20s。
4、加入氯仿/异戊醇(24:1)400ul,边加边摇,摇匀20s,12000rpm离心12min。
5、取上层液350ul,加入另一新eppendorf管中,加0.6倍体积异丙醇,摇匀20s,室温放置15min,静置后的反应体系15000rpm离心12min,使沉淀紧贴eppendorf管壁。
6、弃异丙醇,加70%乙醇1ml(不振动),以15000rpm离心12min。
7、弃乙醇,敞开eppendorf管盖,烘干(37℃恒温箱)后,加1xTE溶液30ul,溶解DNA>12h以上,制成的DNA液-20℃冰箱保存备用。
五、外周血白细胞基因提取方法:
1、将1mlEDTA抗凝贮冻血液于室温解冻后移入5ml离心管中,加入1ml磷酸缓冲盐溶液(PBS),混匀,3500rpm离心15min,倾去含裂解红细胞的上清。重复一次。用0.7mlDNA提取液混悬白细胞沉淀,37℃水浴温育1h。
2、将上述DNA提取液混悬白细胞,37℃水浴温育1h后,加入1mg/ml蛋白酶K0.2ml,至终浓度为100-200ug/ml,上下转动混匀,液体变粘稠。50℃水浴保温3h,裂解细胞,消化蛋白。保温过程中,应不时上下转动几次,混匀反应液。
3、反应液冷却至室温后,加入等体积的饱和酚溶液,温和地上下转动离心管5-10min,直至水相与酚相混匀成乳状液。5000rpm离心15min,用大口吸管小心吸取上层粘稠水相,移至另一离心管中。重复酚抽提一次。加等体积的氯仿:异戊醇(24:1),上下转动混匀,5000rpm离心15min,用大口吸管小心吸取上层粘稠水相,移至另一离心管中。重复一次。
4、加入1/5体积的3mol/LNaAc及2倍体积的预冷的无水乙醇,室温下慢慢摇动离心管,即有乳白色云絮状DNA出现。用玻璃棒小心挑取云絮状的DNA,转入另一1.5ml离心管中,加70%乙醇0.2ml,以5000rpm离心5min。洗涤DNA,弃上清,去除残留的盐。重复一次。室温挥发残留的乙醇,但不要让DNA完全干燥。加TE液20ul溶解DNA,置于摇床平台缓慢摇动,DNA完全溶解通常需12-24h。制成的DNA液-20℃冰箱保存备用。
六、真核细胞DNA的制备
试剂准备:
1、TE:10mMTris-HCl(pH7.8); 1mM EDTA(pH8.0)。
2、TBS:25mMTris-HCl(pH7.4); 200mM NaCl;5mMKCl。
3、裂解缓冲液:250mMSDS;使用前加入蛋白酶K至100mg/ml。
4、20%SDS
5、2mg/ml蛋白酶K
6、Tris饱和酚(pH8.0)、酚/氯仿(酚∶氯仿=1∶1)、氯仿
7、无水乙醇、75%乙醇
试验步骤:
材料处理:
1、新鲜或冰冻组织处理:
1)取组织块0.3-0.5cm3,剪碎,加TE0.5ml,转移到匀浆器中匀浆。
2)将匀浆液转移到1.5ml离心管中。
3)加20%SDS25ml,蛋白酶K(2mg/ml)25ml,混匀。
4)60°C水浴1-3hr。
2、培养细胞处理:
1)将培养细胞悬浮后,用TBS洗涤一次。
2)离心4000g×5min,去除上清液。
3)加10倍体积的裂解缓冲液。
4)50-55°C水浴1-2hr。
DNA提取:
1、加等体积饱和酚至上述样品处理液中,温和、充分混匀3min。
2、离心5000g×10min,取上层水相到另一1.5ml离心管中。
3、加等体积饱和酚,混匀,离心5000g×10min,取上层水相到另一管中。
4、加等体积酚/氯仿,轻轻混匀,离心5000g×10min,取上层水相到另一管中。如水相仍不澄清,可重复此步骤数次。
5、加等体积氯仿,轻轻混匀,离心5000g×10min,取上层水相到另一管中。
6、加1/10体积的3M醋酸钠(pH5.2)和2.5倍体积的无水乙醇,轻轻倒置混匀。
7、待絮状物出现后,离心5000g×5min,弃上清液。
8、沉淀用75%乙醇洗涤,离心5000g×3min,弃上清液。
9、室温下挥发乙醇,待沉淀将近透明后加50-100mlTE溶解过夜。