方法一：
改良TES水浴法
将蜡块组织切片为10μm大小，修剪掉多余的石蜡，取10片置于1.5ml Eppendorf 管中，加入1ml TES溶液充分振荡10min，70℃水浴30min，15000r/min 离心15min，弃上清，重复2次。最后1次弃去上清后向管中加入500μl 消化缓冲液，再加入20μl 蛋白酶K （质量浓度5mg/ml），置于55℃水浴过夜。在沸水中水浴10min，以灭活蛋白酶K。加入等体积饱和酚氯仿-异戊醇（25:24:1），重复抽提3次。最后取上层水相，加入无水乙醇沉淀。70%乙醇充分洗涤DNA，空气干燥，加入50μl TES 溶液溶解，置于-20℃保存备用。
方法二：
二甲苯脱蜡法
将蜡块组织切片10μm ，加入1ml 二甲苯溶液。在37℃水浴中轻摇10min ，4000 r/min 离心15min ，小心吸去二甲苯，重复两次。弃去二甲苯后加入1ml 无水乙醇洗涤，再依次用95%、75%、25%乙醇进行梯度水化。弃去上清后向管中加入500μl 消化缓冲液，再加入 20μl 蛋白酶K（质量浓度为5mg/ml），置于55℃水浴中过夜。加入等体积饱和酚氯仿-异戊醇重复抽提3次。最后取上层水相经过沉淀、洗涤、干燥后，于-20℃保存备用。
方法三：
无需脱蜡法（Goelz 法改良）
1、取出已分装好的石蜡组织片，切除多余的石蜡，暴露组织
2、将组织切碎（最大径<0.5mm），称重，放置于2ml 离心管中
3、加入TE9提取液1ml ，高速混悬2~3min，与48℃水浴郭中放置24h。（TE9 DNA提取液的制备：500mmol/L Tris ；20mmol/L EDTA；10mmol/LNaCl；1%SDS；500μg/ml；pH8.0）
4、再次混悬组织，加入蛋白酶K至终浓度1mg/ml，SD至2%，孵育24-36h（组织消化完全为宜，微量管液体分层，上层为蜡溶液浑浊层，下层为组织消化澄清液)
5、用等体积酚-氯仿溶液抽提3次，全速离心后可见明显分层，抽提过程中小心抽吸，避开上层蜡层及下层酚相层，吸取中间清亮层；
6、转移上清，加入1/10体积3 M冰冻的NaAC溶液和等体积异丙醇室温放置过夜，次日离心(12000 r/min，10 min)，收集DNA沉淀；
7、沉淀物用70%乙醇洗1次，去除多余盐分。
8、沉淀干燥后溶于20μTE缓冲液(pH7.2)，加入1 μl RNA酶，放置于-4℃冰箱备存。
方法四：
脱蜡法
(1)脱蜡：
①将石蜡包埋的组织标本切片5-8片(5μm/每片)，放入1.5ml离心管中；
②加入1 ml二甲苯，颠倒混匀，使二甲苯与组织充分接触，放置于48℃水浴锅中45分钟；
③离心(12 000 r/rain，10min)，弃上清；
④重复前两步(即用二甲苯脱蜡两次)；
⑤加入1 ml无水乙醇，翻转混匀，离心(12000r/min，10 min)，弃上清，以去除残留二甲苯，此过程也重复两次。
⑥弃上清后，将已脱蜡组织放置于超净台自然干燥。
(2)蛋白酶消化：于脱蜡后组织中加入细胞裂解液200μl，蛋白酶K(20 mg/ml)15 m，混匀，于37℃水浴锅中温浴至混合物清亮(37-48 h)。在消化过程中，消化24小时时补加一次蛋白酶K(10-15μl)。消化完全后离心(12000 r/min，10min)，将上清转移至另一微量离心管中。
(3)DNA提取：
①加入等体积的苯酚/氯仿(1：1)抽提2次，离心(12 000r/min，10 min)；
②转移上清，加入等体积苯酚/氯仿/异戊醇(25：24：1)抽提1次，离心(12 000 r/min，10 min)，转移上清；
③加入上清液1/10体积的3 M冰冻NaAC溶液和2倍体积冷乙醇沉淀DNA，于-4℃冰箱沉淀过夜；
④次日于4℃离心(12 000 r/rain，10 rain)，收集DNA沉淀。将沉淀溶于20μl TE缓冲液，加1μl RNA酶，放置于-4℃冰箱保存待用。
方法五：
Gpelz氏DNA提取方法
1． 切除多余石蜡，暴露组织
2． 将组织切碎（最大径<0.5mm），称重；
3． 溶于TE9提取液（组织<50mg/5ml,50～500mg/10ml）,高速混悬2～3min；于48℃放置24h
4． 再次混悬组织，加入蛋白酶K至终浓度1mg/ml,SDS至2%，孵育40h；
5． 用等体积酚-氯仿溶液抽提3次
6． 2.5倍体积乙醇沉淀DNA
7． -70℃放置2～4h
8． 9000×g离心1h
9． 沉淀物用70%乙醇洗1次
10．干燥，TE（pH7.2）溶解。
方法六：
1、取蜡块切片 15-20 张（8μm），置于eppendorf 管中，加入 1ml 的二甲苯，37℃作用 3h，以 10000rpm，离心 3min，倾去二甲苯。重复 3-4 次，观察管壁是否光滑。如果仍有蜡质残存，需继续脱蜡。
2、剃度酒精水化：加入 100%乙醇 1ml，室温下放置 30min，以 10000rpm离心 3min，去上清；再依次分别加入 95%；75%；50%的乙醇重复上面的步骤。
3、消化：以 1 SSC500μL 加入 SSC 洗涤沉淀，以 12000rpm 离心 3min。弃去上清夜，干燥沉淀。加入石蜡消化液 400μL，PK（20mg/ml）20μl；55℃消化 120h，第四天，补加 PK10μl。
4、消化后的液体很清亮，肉眼可见的组织较少。将其转入 98℃的水浴箱中，煮沸 10min，以灭活 PK，取出后置于冰上，使其迅速冷却。以 10000rpm，离心 5min。
5、取上清加等量的酚-氯仿，轻颠倒混匀呈乳白色。低温下以 14000rpm，离心 10min。小心取上清，再加入等量的酚-氯仿重复上面的步骤。
6、取上清加入预冷的两倍体积的无水乙醇及 1/10 的乙酸钠（PH5.2），颠倒混匀。置于-20℃，30min。低温下以 14000rpm，离心 10min，去上清。
7、沉淀用 1ml 的 70%乙醇洗涤 2 次，颠倒 eppendorf 管数次）14000rpm，（以离心 5min，，自然干燥沉淀。
8、加 TE20μl，（含 RNA 酶），4℃下过夜。