Simgen和Ta**Ra动物组织DNA试剂盒性能对比

作者:新景实验室
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前段时间有个客户在新景实验室做物种鉴定方面的实验,由于样本比较珍贵,希望能挑选到一款性能更好的试剂盒,因此自带了一盒Ta**Ra MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction Kit,想与Simgen的动物组织DNA试剂盒比较一下性能。对于这种需求,我们也很感兴趣,现在我们将测试结果公布一下:

实验目的:

对比SimgenTa**Ra两个品牌的动物组织DNA试剂盒的性能差异。

实验材料:

客户提供的牛垂体组织(晒干),一次性手术刀片,Simgen动物组织DNA试剂盒(Cat.No.3101050),Ta**Ra MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction Kit2×Taq Plus PCR Master MixSimgenCat.No.7005100),特异性引物(客户提供,具体序列未知,扩增的目的片段在200 bp左右)。

实验方法:

1. 用一次性手术刀片将垂体组织切碎,按每管20 mg的重量称取4管,分别用SimgenTa**Ra两个公司的试剂盒提取2管垂体组织的DNA

2. 在超微量分光光度计上测量提取的DNA浓度。

3. 5 μl洗脱的DNA作为模板,用2×Taq Plus PCR Master Mix进行PCR扩增。

操作步骤对比:


实验结果:

1. 在超微量分光光度计上分别用Elution Buffer/Buffer TE调零,测量洗脱下来的DNA,结果如下(T1T2Ta**Ra试剂盒;S1S2Simgen试剂盒):


1. 2%的琼脂糖凝胶上,加入5 μl PCR扩增产物,电泳30分钟,结果如下:


分析与讨论

1. 从操作步骤上来看,两家公司的试剂盒相似度很高,但是Simgen的操作步骤相对来说离心时间更短,洗涤步骤也只需两步,比Ta**Ra的三步洗涤更简便。

2. 在蛋白酶K消化组织的步骤中,当Simgen试剂盒提取的两管垂体组织完全溶解的时候,Ta**Ra试剂盒提取的两管垂体组织还有明显的未溶解颗粒。可能是因为Simgen公司的试剂盒中消化缓冲液Buffer AT性能优于Ta**Ra试剂盒中的Buffer GL

3. Simgen试剂盒提取的DNA浓度较Ta**Ra试剂盒更高;且OD260/OD230比值达到2.0以上;Ta**Ra试剂盒提取的DNA浓度不到Simgen试剂盒提取的浓度的一半,且OD260/OD230比值均低于2.0

4. PCR电泳图可以看到两个公司的试剂盒提取的DNA均能够扩增出目的条带,但Simgen的条带较Ta**Ra稍亮一些,这与测得的DNA浓度有对应的相关性。

5. 专业分析:一个优质的核酸纯化试剂盒由两大部件组成:缓冲液+纯化柱。Ta**Ra试剂盒消化DNA的时间长,洗涤次数多,说明其试剂盒的缓冲液还需要进一步优化。

6. 专业分析:Ta**Ra试剂盒提取的DNA浓度较Simgen试剂盒低了一半,已经不仅仅能用缓冲液的差异来解释了,说明其选用的纯化柱有两种可能存在的缺陷:1.最常见的是纯化柱失效问题,就是说纯化柱吸附DNA的能力下降了。2. 纯化柱的优化问题,如果Ta**Ra选择了非常致密的膜吸附基因组DNA,虽然DNA的吸附效率非常高,但是会导致大片段的DNA很难被洗脱下来,结果就是不仅基因组DNA的回收率低,还很容易滞留盐分,典型的特点是OD260/OD230比值偏低。综合来看,第二种纯化柱缺陷的可能性偏大,当然这只是猜测,具体还需要Ta**Ra公司的技术人员自己去核实。

Simgen实验室

2019.11.27