如何从软骨中提取DNA

作者:新景实验室
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软骨作为硫酸软骨素的生产原料,其来源也是生产厂家和消费者关心的重点。软骨中有多少DNA?能不能提出来?如何鉴定其来源?请看下面的实验。

实验材料:干燥的猪鼻骨

实验试剂:动物组织DNA试剂盒(simgenCat.No.3101050Buffer SP猪源DNA基因检测试剂盒(simgenCat.No.7804050

实验设备:水浴锅、高速离心机、移液器、微量紫外分光光度计及荧光PCR

实验方法:

1) 用全新的手术刀刮去软骨有霉变的表层,用刀尖切取中间部分,装到1.5 ml离心管(每管15-25 mg左右)中;

2) 向样本中加入20μl蛋白酶K贮存液,180μl Buffer AT15μlBuffer SP

3) 56℃水浴至软骨完全溶解(约30 min),溶液呈透明状;

4) 加入200μl Buffer SL,旋涡震荡15 s混匀,70℃水浴10 min

5) 加入200μl无水乙醇,温和翻转离心管4-6次,低速离心将管盖上的液体离下来。

6) 将上一步骤的液体转移到核酸纯化柱,12000 rpm离心30 s

7) 加入Buffer WABuffer WB各洗涤一次;

8) 13000 rpm空离2 min

9) 加入80μl Buffer TE洗脱DNA

10) 在紫外分光光度计上测量DNA的浓度;

11) 琼脂糖凝胶电泳;

12) 使用4μl DNA模板进行荧光定量PCR猪源检测。

实验结果:

1.在微量紫外分光光度计上用Buffer TE调零,测量洗脱下来的软骨DNA浓度,结果如下,


2.
1%的琼脂糖凝胶上,加入8μl软骨DNA,电泳15min,结果如下,从测量的
OD值来看,样品浓度很高,从25mg的软骨中可以提到8μgDNAOD
260/OD2801.75-1.78之间,DNA纯度很高,估计是因为干燥后的软骨经一段时间的保藏和运输,其中的RNA早已被降解完全。不过放了这么久,DNA可能也会有很大程度的降解,降解的短核苷酸链也会有提高OD260吸收值的作用,所以我们来跑电泳看一下有没有基因组DNA的主条带。

 

出乎我们的意料,虽然可以看到部分拖尾的降解条带,但是电泳主条带也非常清晰。说明我们从软骨样本中提到了完整度很高的基因组DNA,并且含量也不低。至于为什么能从软骨中提到这么完整的DNA,推测有可能是因为软骨经干燥以后,各种酶相继失活,DNA反而得到了很好的保存。

3.荧光定量PCR猪源检测结果

 

 

阳性对照为猪源DNA基因检测试剂盒(simgenCat.No.7804050)中的强阳性标准品,浓度为100 ng/μl,对比荧光曲线和Ct值,我们提取的软骨DNA猪源阳性很强,Ct值相差很小,说明此软骨确实是猪来源。

通过这个实验,我们可以得出以下结论:

1. 软骨中的DNA含量比较高,可以作为鉴定样本提取DNA

2. Simgen 动物组织DNA试剂盒能高效地提取到软骨中的基因组DNA

3. 干燥的软骨中提取到的DNA的完整度很高,所以推测从风干的人或动物尸体中的软骨组织中取样提取DNA也是不错的选择。

 

 

                                                                                                                                                                Simgen实验室