1、低熔点琼脂糖挖块法：在琼脂糖主链导入羟乙基修饰后，其凝固点温度降为30度，熔化温度为65度，这一温度低于绝大多数双链DNA的变性温度，利用这类凝胶纯度高熔点低的特点，在水平式琼脂糖凝胶电泳上，使所需的目的DNA片段转移到低熔点琼脂糖凝胶内，经65度水浴5-10分钟，使之溶化，用饱和酚抽提，就可以分离到所需DNA。
低熔点琼脂糖凝胶中回收DNA
⑴、将已经电泳确定的可回收的酶切产物在合适浓度的回收用琼脂糖凝胶进行电泳。最好换用新的电泳缓冲液10 × TAE（10 ×Tris-乙酸）。
⑵、当溴酚蓝迁移至足够距离时（至少2 cm以上），在长波紫外灯下观察，用清洗过的刀片在目的片段前切下与目的片段同长，宽度适当（一般2 cm左右）的胶块。
注意： ①不要忘记在胶下垫一个新的塑料手套防止污染。 ②小心不要将回收胶切裂，同时注意与目的带相邻的切面要尽量平整。
⑶、将切好的回收胶块放在回收胶槽内，在切去胶块处加入低熔点琼脂糖胶，待其凝固后将其小心放回电泳槽继续进行电泳。小心低熔点琼脂糖凝胶块与原回收胶块的交界面易断裂。
⑷、待目的带完全进入低熔点琼脂糖胶后，在长波紫外灯下用清洗过的刀片切下含有所需DNA带的凝胶条，置于新的灭菌的1.5 mL Eppendorf管中，加300 μL TE。
⑸、65℃水浴10 min或更长使胶块完全融化。
⑹、立即加入等体积（300~350 μL）Tris-Cl饱和酚（pH 8.0），摇晃混匀。
⑺、12000 rpm离心5 min。
⑻、小心将水相移到另一1.5 mL Eppendorf管中，加入2.5~3倍体积（780 μL即可）预冷无水乙醇。注意不要吸入下层杂质及酚相，没把握时宁可放弃一些上层水相。
⑼、12000 rpm离心5 min。
⑽、小心将水相移到另一1.5 mL Eppendorf管中，加入2.5~3倍体积（780 μL即可）预冷无水乙醇。注意不要吸入下层杂质及酚相，没把握时宁可放弃一些上层水相
⑾、置液氮3 min，取出后可置于－20℃放几min。小心防止管子爆裂。
⑿、12000 rpm离心10 min。
⒀、迅速弃上清，一般在管底会有针尖大小的沉淀物，小心用无水乙醇清洗后置于恒温器上干燥（55℃）5~10 min至无乙醇气味，再加入20 μL ddH2O溶解。 14、取20 μL电泳定量后－20℃储存备用。
2、玻璃棉离心法：利用玻璃棉为支持介质，通过离心，使含有目的基因DNA片段的溶液从凝胶中析出，经离心管底部的小孔流入套管，再用酚纯化、乙醇沉淀，获得所需的目的基因片段。
3、透析袋电泳法：与常规琼脂糖电泳原理相同，将含有目的基因片段的凝胶切下来，装入透析袋中，同时装入电泳缓冲液，再按常规电泳方法电泳，让DNA在透析袋内走出凝胶块，再纯化缓冲液中的DNA片段。
4、DEAE纤维素纸片回收法：将这种纸片插入到琼脂糖凝胶，其位置正好在回收的DNA条带的前方，使DNA向纸片方向泳动并吸附在纸片上，然后把纸片取出再用洗脱液洗脱吸附的DNA
DEAE纤维素膜法凝胶回收DNA方法：
（1）、消化一定量DNA以收获至少100ng目的片段DNA。用含有0。5ug/ml EB的适当浓，度的琼脂糖凝胶电泳分离DNA片段。用手提式长波紫外灯对目的条带进行定位。
EB-DNA复合物的激发会导致染料的光猝灭以及单链DNA的破坏。用302nm擅长光源取代254nm光源将会降低这两种危害。
（2）、用锋利的刀片或剃刀在紧靠目的条带前的凝胶上切一切口，其两边比条带宽约2mm。 如果需从整个琼脂糖泳道上洗脱DNA(如哺乳动物细胞基因组DNA的限制酶消化物)，在凝胶上与目的泳道平行的位置做一切口，在切口处插入一长条 DEAE 纤维素膜(同步骤3) ．调整凝胶的方向使DNA可以从凝胶中电泳转移至膜上。电泳结束后，取出膜，切成小片。从适当的膜段上洗脱所需大小的DNA(步骤7-11)
（3）、戴上手套，切一块与切口等宽而比凝胶稍深(1mm)的DEAE-纤维素膜。在10mmol/LEDTA(pH8。0) 室温浸泡5min后，用0。5mol/L NaOH取代EDTA浸泡以活化DEAE-纤维素膜。再次室温5min后，用无菌水冲洗6次
（4）、用平头慑子将切口壁撑开，将膜插入裂缝中。取出镊子，使切口闭合，小心勿留气泡。 降低非目的DNA污染的概率，可以采取以下措施之一：
将含有目的条带的凝胶切下，转移到凝胶另一个区域切成适当大小的小洞中。DNA条带。 在目的条带的后面插入第二张膜来截留不需要的DNA。
（5）、继续电泳(5V/cm)直至DNA条带迁移到膜上。电泳过程中，可以用手提式长波紫外灯(302nm)进行跟踪检测。
继续电泳的时间尽可能短，只要DNA从凝腔中转移到膜上即可。过长时间的电泳会导致其他 DNA 的交叉污染(见上文)和琼脂糖中污染物不必要的累积。
（6）、当所有目的DNA离开凝胶被收集到膜上时，切断电流。用平头镊子从凝胶中取出膜，室温下，用5-10ml DEAE低盐缓冲液将膜漂洗一下，以除去膜上的琼脂糖。 不要让膜完全干燥，否则导致DNA发生不可逆的结合。
（7）、将膜转移到另一个微量离心管中，加足量的DEAE高盐洗脱缓冲液使膜完全被浸没。轻轻的将膜弄皱或对折，但不要压紧。盖上离心管盖，于65℃温育30min。不时地检查，不要让膜伸展到缓冲面上。
（8）、从膜上洗脱DNA的过程中，如方案2描述的那样对凝胶成像，记录被分离出的条带。
（9）、步骤7的液体转移到另一微量离心管，再加入足量的DEAE高盐洗脱缓冲液65℃温育15min。合并两份DEAE高盐溶液。
在紫外灯下检查，确证膜上不再有可见的被EB染色的DNA痕迹。然后弃去用过的膜。
（10）、高盐洗脱液用酚：氯仿抽提一次。水相转移到另一离心管。加入0.2倍体积的10mol/L乙酸铵，2倍体积的4℃乙醇。室温放置10min。用微量离心机室温以最大转速离心10min。用70%乙醇小心洗沉淀。打开离心管几分钟，使乙醇完全挥发。再将DNA重溶到3-5ulTE(pH8.0)。 在沉淀以前加入10ug转移RNA。可以改善少量DNA回收的效果．但是在加入载体 RNA 之前必须确定RNA不会影响DNA以后作为底物或模板的酶促反应。
（11）、如果需要极纯的DNA(如用于小鼠受精卵的显微注射或培养细胞电穿孔照下述方法用乙醇再沉淀DNA。
a．用200 ulTE(pH8.0)悬浮DNA，加入25ul 3mol/L体积的乙醇重新沉淀DNA。
b．4 ℃微量离心机最大速度离心 5-15min，回收DNA。
c．70 %乙醇小心漂洗沉淀。打开离心管几分钟，使乙醇完全挥发。将DNA溶于3-5 ulTE(pH8.0)。
（12）、通过凝胶电泳对DNA进行定性和定量。将少量 (10-50ng) 最终制备的DNA片段与10ul TE(pH8.0)混合，加入2ul所需的凝胶载样缓冲液。
加样并在适当浓度的琼脂糖凝胶上进行电泳，以已知量的经用适当限制酶消化的原 DNA 作为参照物标准和分子质量标准。分离的片段应该与限制酶消化产物中的相应片段同步迁移。仔细检查凝胶，看是否有弱荧光带存在。弱荧光带存在表明有DNA污染